Esa Ruuttunen opiskeli aluksi teologiaa ja toimi valmistuttuaan papin virassa Temppeliaukion kirkossa Helsingissä kymmenisen vuotta. Viranhoidon ohessa hän opiskeli laulua Sibelius-Akatemiassa, josta valmistui vuonna 1980.

Vuodesta 1985 lähtien hän on toiminut ammattilaulajana. Vakituinen kiinnitys Kansallisoopperan solistina alkoi syksyllä 1987, josta hän jäi eläkkeelle elokuussa 2005. Savonlinnan Oopperajuhlien solistikuntaan hän on kuulunut 80-luvulta lähtien ja sai vuonna 2000 vuoden taiteilijan nimityksen.

Vuodesta 2004 hän on toiminut Nivalan oopperakeskushankkeen taiteellisena johtajana. Samana vuonna kantaesityksen saaneessa Ilkka Kuusiston säveltämässä PULA! Ooppera konikapinasta -teoksen hän esiintyi yhtenä pääsolistina isoisänsä Sigfrid Ruuttusen roolissa.

Vuonna 1996 Ruuttunen debytoi Deutsche Oper Berlinissä, joka johti vierailuihin useisiin Euroopan tärkeimpiin oopperataloihin, mm. Baijerin Valtionoopperaan, Covent Gardeniin, Stuttgartin ja Leipzigin oopperoihin sekä vuonna 2003

Barcelonan Liceuhun ja 2004 Wienin Valtionoopperaan ja Berliinin Valtionoopperaan. Konserttisolistina hän on vieraillut monissa merkittävissä musiikkikaupungeissa Euroopassa, USA:ssa ja Kanadassa sekä Tokiossa.

Ruuttusen oopperarepertuaari sisältää keskeiset heldenbaritoniroolit sekä runsaasti kantaesityksiä mm. uskonnollisaiheisten oopperoiden päärooleissa. Hänen konserttiohjelmistonsa koostuu klassisen ohjelmiston lisäksi runsaasta kirkko- ja muusta hengellisestä musiikista.

Vuonna 2001 hän sai Suomen Leijonan Pro Finlandia -kunniamerkin sekä tammikuussa 2004 Wienissä Romanian valtion musiikkikomentajan kunniamerkin. Keväällä 2007 Esa Ruuttusesta ilmestyi Kirjapajan kustantama ja Pekka Hakon kirjoittama henkilökuva nimellä Esa Ruuttunen - Oopperapappi .

Esa Ruuttunen on vuosina 2007-2010 opetusministeriön nimeämänä Suomen Kansallisoopperan hallituksen jäsen.